The present invention relates to multilayer microencapsulated lactic bacteria and bifidobacteria; preferably bacteria with probiotic activity, and the use thereof to prepare a food product, supplement product, medical device or pharmaceutical composition or water- and/or fruit-based beverage. In particular, the present invention relates to a food product selected from among water, water- and/ or fruit-based beverages, milk, fresh whole milk, partially skimmed milk, powdered milk, cheese, fresh cheese, aged cheese, grated cheese, butter, margarine, yogurt, cream, milk- and chocolate- based custards, custards for sweets, jams and oily suspensions comprising bacteria, preferably multilayer microencapsulated lactic bacteria and bifidobacteria with probiotic activity. The coating material is selected from the list comprising mono- and di-glycerides of saturated fatty acids, polyglycerols esterified with saturated fatty acids, free saturated fatty acids and glyceryl dipalmitostearate.La présente invention concerne des bactéries lactiques et des bifidobactéries microencapsulées multicouches, de préférence des bactéries présentant une activité probiotique, et l'utilisations de celles-ci dans la préparation d'un produit alimentaire, d'un complément alimentaire, d'un dispositif médical ou d'une composition pharmaceutique ou d'une boisson à base d'eau et/ou de fruits. La présente invention concerne en particulier un produit alimentaire sélectionné parmi de l'eau, des boissons à base d'eau et/ou de fruits, du lait, du lait entier frais, du lait partiellement écrémé, du lait en poudre, du fromage, du fromage frais, du fromage vieilli, du fromage râpé, du beurre, de la margarine, du yogourt, de la crème, des crèmes pâtissières à base de lait et de chocolat, des crèmes pâtissières pour la fabrication de sucreries, des confitures et des suspensions huileuses comprenant des bactéries, de préférence des bactéries lactiques et des bifidobactéries microencapsulées multicouches présenta