本发明涉及基因工程及蛋白质改造技术领域,具体来说是一种盐适应性改良的内切木聚糖酶突变体及其制备方法和应用,突变体S35H04的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,其最适pH为5.0,最适温度为65℃,50℃时的半衰期为30min。与野生酶相比,突变内切木聚糖酶S35H04在10.0mM的β‑Mercaptoethanol、CoCl2、FeSO4中的活性、在20.0‑25.0%(w/v)的NaCl中的活性及在10.0‑30.0%(w/v)的KCl中的活性得到了改良。本发明的突变内切木聚糖酶S35H04可应用于食品行业、海产品加工和高盐环境生物技术领域。