The present invention relates to a pharmaceutical composition for treating colon diseases, which comprises a protein derived from lactobacillus and cystatin. The pharmaceutical composition the comprising the protein derived from lactobacillus and cystatin of the present invention exhibits a remarkably elevated colon cancer inhibitory effect as compared with the case of using a protein derived from the lactobacillus or the cystatin alone for the colon cancer. Therefore, the composition is expected to be widely used as an effective colon cancer therapeutic agent in the field of medicine.본 발명은 유산균 유래 단백질 및 시스타틴을 포함하는 대장질환 치료용 약학조성물에 관한 것이다.본 발명의 유산균 유래 단백질 및 시스타틴을 포함하는 약학조성물은 대장암에 대하여 유산균 유래 단백질, 또는 시스타틴은 단독으로 사용하는 경우보다 현저하게 상승된 대장암 억제 효과를 나타내므로, 효과적인 대장암 치료제로서 의학 분야에서 크게 활용될 것으로 기대된다.