Some aspects of this disclosure provide compositions, methods, and kits for improving the specificity of RNA-programmable endonucleases, such as Cas9. Also provided are variants of Cas9, e.g., Cas9 dimers and fusion proteins, engineered to have improved specificity for cleaving nucleic acid targets. Also provided are compositions, methods, and kits for site-specific recombination, using Cas9 fusion proteins (e.g., nuclease-inactivated Cas9 fused to a recombinase catalytic domain). Such Cas9 variants are useful in clinical and research settings involving site-specific modification of DNA, for example, genomic modifications.L'invention concerne, dans certains aspects, des compositions, des méthodes et des kits permettant d'améliorer la spécificité d'endonucléases ARN-programmables, par exemple la Cas9. L'invention concerne également des variants de Cas9, par exemple des dimères et des protéines hybrides de Cas9, conçus pour une meilleure spécificité du clivage d'acides nucléiques cibles. L'invention concerne également des compositions, des méthodes et des kits permettant de modifier les acides nucléiques spécifiques d'un site au moyen de protéines hybrides de Cas9 (par exemple Cas9 inactivée par une nucléase et fusionnée avec un domaine catalytique d'une nucléase ou un domaine catalytique d'une recombinase). Ces variants de Cas9 sont utilisés dans le domaine de la recherche et dans le domaine clinique impliquant des modifications d'ADN spécifiques d'un site, par exemple des modifications génomiques.
