The present invention relates to the field of radiation therapy. In particular, the invention concerns a method of calibrating a positioning system in a radiation therapy system comprising a radiation therapy unit having a fixed radiation focus. The method comprises the steps of irradiating a calibration tool comprising at least one reference object, capturing at least one two-dimensional image including cross- sectional representations of reference objects of the calibration tool and determining image coordinates of the representation of each reference object. Based on the reference objects image coordinates, positions of the reference objects in the stereotactic coordinate system relative to an origin of the calibration tool and the position of the origin of the calibration tool relative to the imaging unit, a position difference between the position of the calibration tool in the stereotactic coordinate system and a position of the calibration tool in an imaging system coordinate system including a translational and rotational position difference is calculated.La présente invention concerne le domaine de radiothérapie. En particulier, l'invention concerne un procédé d'étalonnage d'un système de positionnement dans un système de radiothérapie comprenant une unité de radiothérapie ayant un foyer de rayonnement fixe. Le procédé comprend les étapes consistant à rayonner un outil d'étalonnage comprenant au moins un objet de référence, à capturer au moins une image bidimensionnelle comprenant des représentations en coupe transversale d'objets de référence de l'outil d'étalonnage, et à déterminer des coordonnées d'image de la représentation de chaque objet de référence. Sur la base des coordonnées d'image d'objets de référence, des positions des objets de référence dans le système de coordonnées stéréotaxiques par rapport à une origine de l'outil d'étalonnage, et de la position de l'origine de l'outil d'étalonnage par rapport à l'unité d'imagerie, on calcule une différe