The present invention relates to the field of radiation therapy. In particular, the invention concerns a method of calibrating a positioning system in a radiation therapy system comprising a radiation therapy unit having a fixed radiation focus point. The method comprises the steps of: - releasably attaching a calibration tool to the fixation arrangement; - performing an image scanning procedure with the imaging system; - determining a position of the calibration tool in a coordinate system related to the imaging system; and - calculating a position difference between the determined position of the calibration tool in the coordinate system related to the imaging system and a position of the calibration tool in the stereotactic fixation unit coordinate system, thereby determining a relationship between the coordinate system related to the imaging system and the position of the calibration tool in the stereotactic fixation unit coordinate system.La présente invention concerne le domaine de la radiothérapie. En particulier, l'invention concerne un procédé de calibrage d'un système de positionnement dans un système de radiothérapie comprenant une unité de radiothérapie ayant un point focal de rayonnement fixé. Le procédé comprend les étapes de : - fixer de façon détachable un outil de calibrage à l'ensemble de fixation ; - mettre en œuvre une procédure de balayage d'image par le système d'imagerie ; - déterminer une position de l'outil de calibrage dans un système de cordonnées associé au système d'imagerie ; et - calculer une différence de position entre la position déterminée de l'outil de calibrage dans le système de coordonnées associé au système d'imagerie et une position de l'outil de calibrage dans le système de coordonnées de l'unité de fixation stéréotactique, déterminant ainsi une relation entre le système de coordonnées associé au système d'imagerie et la position de l'outil de calibrage dans le système de coordonnées de l'unité de fixation stéréotactique.