The present invention relates to a method for manufacturing a functional food composition, which comprises the following steps: preparing at least one first main ingredient selected from pine, pine needles, and pine cones, a second main ingredient of dried Artemisia vulgaris, and a third main ingredient of dried Pueraria montana extracting hot water by mixing the first to third main ingredients with a complex mineral water and extracting an undiluted solution after the hot water extraction, wherein the complex mineral water includes pegmatite mineral water and soil water, and the pegmatite mineral water includes mineral water, which is filtered after being fixed in water for a predetermined time.본 발명의 기능성 식품 조성물의 제조 방법은 솔잎, 솔방울 및 솔순 중 선택되는 적어도 하나 이상의 제 1 주재료와, 건조된 쑥의 제 2 주재료와, 건조된 칡의 제 3 주재료를 준비하는 단계와, 상기 제 1 내지 제 3 주재료와 복합 생수를 혼합하여 열수 추출하는 단계와, 상기의 열수 추출을 수행한 다음, 원액을 추출하는 단계를 포함하고, 상기 복합 생수는 거정석 생수와 지장수를 포함하고, 상기 거정석 생수는 거정석을 미리 설정된 시간 이상 물 속에 정치한 다음 여과해낸 미네랄 생수를 포함하는 것을 특징으로 한다.