本发明公开了属于作物分子标记领域的玉米摩擦禾单体附加系核不育基因的分子标记,该分子标记由SEQ ID No:1所示的核苷酸序列组成。本发明还公开了由SEQ ID No:2和SEQ ID No:3组成的用于扩增上述分子标记的SCAR引物对。此外,本发明还公开了利用上述分子标记进行回交和轮回选择育种的方法。本发明分子标记不受时间和环境条件的限制,可在苗期对玉米摩擦禾单体附加系核不育基因进行鉴定和筛选,易于进行选择和淘汰,节省大量人力和物力,提高了育种效率,缩短了育种进程和时间,显著降低了育种成本;此外,本发明还可作为大规模进行玉米轮回选择的工具,不断扩大玉米遗传基础,有利于选出突破性的玉米品种。