本发明涉及一种玉米雄性核不育基因、其分子标记及应用。本发明包括IDP797245和IDP30786两个分子标记,其PCR扩增的引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.4所示,且其与玉米性状连锁,能够准确定位和标记玉米雄性核不育基因ms‑5,其在植株的鉴定、品种的遗传背景、筛选目标单株,在品种的改良和产量构成以及克隆性分化控制基因等方面有重要的应用意义;本发明雄性不育基因ms‑5是一个新的雄性不育基因,以其进行杂交制种时,可以免去人工去雄,节约人力,降低种子成本,同时又是提高杂交制种效率、种子纯度,保证制种质量的一条经济有效的途径。