本发明公开了一种洋葱雄性不育基因Ms位点共分离的SSR共显性分子标记WH-SSR-1,开发此标记所用的核苷酸引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示,应用此标记检测洋葱样本的引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。本发明的洋葱雄性不育基因Ms位点共分离的SSR共显性分子标记及引物可以用于鉴别洋葱雄性不育基因Ms位点基因型:提取待检测洋葱样本的叶片总DNA,经引物PCR扩增后,检测扩增产物的大小。本发明的分子标记不仅克服了以往分子标记的不足,而且避免了常规方法繁琐的筛选过程,还可以节省4-6年杂交测交时间以及此过程中大量人力、物力消耗,从而使得其操作过程更简单、有效。