本发明公开了一种鉴定洋葱雄性不育基因的共显性SCAR标记及应用。其特异片段长度分别为886bp和621bp,其中,特异片段长度为886bp的标记与洋葱恢复基因Ms紧密连锁,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;特异片段长度为621bp的标记与洋葱不育基因ms紧密连锁,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。上述共显性标记可以作为分子标记应用于辅助选育洋葱雄性不育系和配套保持系。本发明利用分子标记的技术获得了鉴定洋葱雄性不育基因的共显性标记。利用该标记可以对洋葱雄性不育基因的基因型进行快速准确的判断,这对于加快洋葱的育种进程,建立洋葱分子标记辅助育种技术体系具有重要意义。