The present invention relates to a freeze-dried composition comprising a microbiota in its ecosystem, in particular stool, and a mixture of cryoprotectants comprising maltodextrin and trehalose, a capsule comprising this freeze-dried composition, their uses and methods of preparation.La présente invention concerne une composition lyophilisée comprenant un microbiote dans son écosystème, en particulier des selles, et un mélange de cryoprotecteurs comprenant de la maltodextrine et du tréhalose, une gélule comprenant cette composition lyophilisée, leurs utilisations et leurs procédés de préparation.