The invention relates to a lyophilized composition comprising a microbiota in its ecosystem, in particular stools, and a mixture of cryoprotectant agents comprising maltodextrin and trehalose, a capsule comprising said lyophilized composition, the use thereof, and methods for the production thereof.La présente invention concerne une composition lyophilisée comprenant un microbiote dans son écosystème, en particulier des selles, et un mélange de cryoprotecteurs comprenant de la maltodextrine et du tréhalose, une gélule comprenant cette composition lyophilisée, leurs utilisations et leurs procédés de préparation.