The present invention relates to a lyophilized composition comprising a microbiota in its ecosystem, in particular stools, and a mixture of cryoprotectants comprising maltodextrin and trehalose, a capsule comprising this composition, their uses and their preparation methods. La présente invention concerne une composition lyophilisée comprenant un microbiote dans son écosystème, en particulier des selles, et un mélange de cryoprotecteurs comprenant de la maltodextrine et du tréhalose, une gélule comprenant cette composition, leurs utilisations et leurs procédés de préparation.