The present invention relates a method and a system for a multi-stage treatment of whole grain flour to reduce enzyme activity, and more specifically, for the rapid treatment of whole grain flour to reduce the lipase enzyme activity for increasing shelf-life using microwave energy for at least one of the stages.La présente invention concerne un procédé et un système de traitement en plusieurs étapes de la farine complète ayant pour effet de réduire lactivité enzymatique et, plus précisément, un procédé et un système de traitement rapide de la farine complète ayant pour effet de réduire lactivité de lenzyme quest la lipase, ce qui permet dallonger la durée de conservation de ladite farine complète, et ce, en faisant appel à lénergie micro-ondes lors dau moins lune des étapes de traitement.