PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an image pickup device, image pickup apparatus, or organism image pickup apparatus which can provide optimum spectral characteristics.SOLUTION: An image pickup device comprises pixel units each comprising: a photodiode 111; a first color filter 112-UL and a second color filter 112-UR respectively disposed in different planar positions above the photodiode 111; a first on-chip lens 113-UL disposed above a first color filter 112-UL; and a second on-chip lens 113-UR disposed above a second color filter 112-UR.COPYRIGHT: (C)2013,JPO&INPIT【課題】最適な分光特性を創出できる撮像素子、撮像装置、または生体撮像装置を提供する。【解決手段】撮像素子は、フォトダイオード111と、フォトダイオード111の上方であって相異なる平面位置にそれぞれ配置される、第1のカラーフィルタ112-UL及び第2のカラーフィルタ112-URと、第1のカラーフィルタ112-ULの上方に配置される第1のオンチップレンズ113-ULと、第2のカラーフィルタ112-URの上方に配置される第2のオンチップレンズ113-URとを含む画素単位を備える。【選択図】図3