Disclosed is a capsule formulation for preventing or treating allergic rhinitis and asthma, which comprises two separate layers of: (1) a Montelukast layer comprising montelukast or a pharmaceutically acceptable salt thereof; and (2) a Levocetirizine layer comprising levocetirizine or a pharmaceutically acceptable salt thereof; and a method for the preparation thereof. The capsule formulation according to the present invention can completely separate two active ingredients, thereby minimizing the reactivity between them and improving product stability against aging effects, and thus, can optimize the therapeutic effects.本発明は(1)モンテルカストまたはその医薬上許容される塩を含むモンテルカスト層;および(2)レボセチリジンまたはその医薬上許容される塩を含むレボセチリジン層の独立した2層を含む、アレルギー性鼻炎および喘息の予防または治療用のカプセル製剤;およびその製造方法を開示する。本発明に係るカプセル製剤は2種の活性成分を完全に分離することができ、それにより両者間の反応を最小とし、製品の経時作用に対する安定性を改善し、かくしてその治療作用を最適化しうる。