本发明提供一种小米α‑淀粉酶及其编码基因与应用,属于基因工程技术领域。本发明的小米α‑淀粉酶的氨基酸酸序列如SEQ ID No.4所示或在此序列中经取代、缺失或添加一个或几个氨基酸且具有相同功能的氨基酸序列,其基因编码的核苷酸序列如SEQ ID No.1或与该序列80%同源性的序列所示。在花粉特异性启动子驱动下本发明的α‑淀粉酶在花粉发育期提前降解淀粉,无法提供花粉萌发能量,花粉萌发被遏制,导致作物雄性败育。本发明的α‑淀粉酶可用于保持雄性不育植株的纯合隐性状态,同时在杂交制种过程中省去人工去雄步骤,在作物种质资源改良、遗传育种方面具有广阔的应用前景。