The medical image processing apparatus, method, and program are capable of matching the overall densities of two medical images and correcting uneven density. The dividing unit 22 divides the brains included in the brain image B0 and the standard brain image Bs into a plurality of regions corresponding to each other. The first correction amount calculation unit 23 corresponds to the pixel values of the first reference pixels included in the plurality of regions in the brain image B0 and the first reference pixels for the plurality of small regions Csi in the standard brain image Bs. A first correction amount between the pixel value of the second reference pixel and the pixel value is calculated. The second correction amount calculation unit 24 determines the first other pixel value other than the first reference pixel in the plurality of regions in the brain image B0 and the first other pixel in the plurality of regions in the standard brain image Bs. A second correction amount for matching the pixel value of the corresponding second other pixel is calculated. The correction unit 25 corrects the brain image B0 based on the first correction amount and the second correction amount.医用画像処理装置、方法およびプログラムにおいて、２つの医用画像の全体の濃度を一致させることができ、かつ濃度ムラも補正できるようにする。分割部２２が、脳画像Ｂ０および標準脳画像Ｂｓに含まれる脳を、互いに対応する複数の領域に分割する。第１の補正量算出部２３が、脳画像Ｂ０における複数の領域に含まれる第１の基準画素の画素値と、標準脳画像Ｂｓにおける複数の小領域Ｃｓｉについての第１の基準画素に対応する第２の基準画素の画素値との間の第１の補正量を算出する。第２の補正量算出部２４が、脳画像Ｂ０における複数の領域の第１の基準画素以外の第１の他の画素値と、標準脳画像Ｂｓにおける複数の領域の第１の他の画素に対応する第２の他の画素の画素値とを一致させるための第２の補正量を算出する。補正部２５が、第１の補正量および第２の補正量に基づいて、脳画像Ｂ０を補正する。
