A brain image normalization apparatus, method and program enable normalization of anatomical structures contained in the brain and the vicinity of the brain. The landmark detection unit 22 detects at least four reference landmarks of the left eye, the right eye, the diencephalon, the fornix, the corpus callosum, the left hippocampus, and the right hippocampus from the brain image B0. The alignment unit 23 aligns the reference landmark detected by the landmark detection unit 22 with the reference landmark corresponding to the detected reference landmark in the standard brain image Bs. The normalization unit 24 normalizes the brain image B0 based on the alignment result.脳画像正規化装置、方法およびプログラムにおいて、脳および脳の近傍に含まれる解剖学的構造物をも正規化できるようにする。ランドマーク検出部22が、脳画像B0から左目、右目、間脳、脳弓、脳梁、左海馬および右海馬のうちの少なくとも4つの基準ランドマークを検出する。位置合わせ部23が、ランドマーク検出部22により検出された基準ランドマークと、標準脳画像Bsにおける検出された基準ランドマークに対応する基準ランドマークとの位置合わせを行う。正規化部24が、位置合わせの結果に基づいて、脳画像B0を正規化する。