In an image processing apparatus, a method, and a program, a brain image and a standard brain image can be more appropriately aligned. The landmark detection unit 22 detects at least four reference landmarks of the left eye, right eye, diencephalon, fornix, corpus callosum, left hippocampus, and right hippocampus from the brain image B0. The first positioning unit 23 performs first positioning including positioning by similarity transformation using the reference landmark between the brain image B0 and the standard brain image Bs. The second positioning unit 24 performs the second positioning by nonlinear conversion between the brain image after the first positioning and the standard brain image Bs.画像処理装置、方法およびプログラムにおいて、脳画像と標準脳画像とをより適切に位置合わせできるようにする。ランドマーク検出部２２が、脳画像Ｂ０から左目、右目、間脳、脳弓、脳梁、左海馬および右海馬のうちの少なくとも４つの基準ランドマークを検出する。第１の位置合わせ部２３が、脳画像Ｂ０および標準脳画像Ｂｓの間での基準ランドマークを用いた相似変換による位置合わせを含む第１の位置合わせを行う。第２の位置合わせ部２４が、第１の位置合わせ後の脳画像および標準脳画像Ｂｓの間での非線形変換による第２の位置合わせを行う。
