The present invention provides a method for manufacturing a functional mixed drink of onion and balsam pear and aims at keeping original characteristics of onion and balsam pear, such as tastes, scent, and colors, etc., so as to increase merchantability and providing the functional mixed drink of onion and balsam pear without a hot taste of the onion and a bitter taste of the balsam pear from the natural ingredients. To achieve the goals, the present invention provides the method for manufacturing the functional mixed drink of onion and balsam pear comprising: preparation of onion juice by passing through the steps of boiling for a predetermined time, removing water vapor, primarily aging and fermenting at a predetermined temperature for a predetermined time, additionally boiling, secondarily aging and fermenting at low temperatures, and aging and fermenting at low temperatures; preparation of balsam pear juice by passing through a primary fermentation step and a water vapor removing step; and mixing of the onion juice and the balsam pear juice at the same weight ratio.본 발명은 양파 및 여주 혼합 기능성 음료 제조방법을 제공하는 것으로서, 양파 및 여주 본래의 맛과 향 그리고 색상 등의 원형을 유지하여 상품성을 높이도록 하고, 천연재료로부터 양파의 매운맛 및 여주의 쓴맛을 제거한 양파 및 여주 혼합 기능성 음료 제조방법을 제공하는데 있다. 이를 위해서, 양파 및 여주 혼합 기능성 음료 제조방법을 제공하는 것으로서, 설정시간동안 가열후에 수증기를 빼주고, 설정온도 및 시간동안 1차 숙성발효단계와, 추가 가열시간, 2차저온 숙성발효단계, 상온숙성발효를 거치며 양파즙를 제조하며; 1차발효단계와 수증기 빼주는 단계를 거친 여주즙을 제조하여, 이를 동일한 중량비로 혼합하는 제조방법을 제공하는 것이다.