The invention relates to methods and compositions for restoring normal microbiota in pre-term newborns or newborns delivered by Cesarean section and methods for preventing or ameliorating diseases associated with delivery by Cesarean section or pre-term birth comprising administering to said newborns at the time of birth or shortly thereafter an effective amount of a vaginal microbiota inoculum obtained from the newborn's mother or a donor or an effective amount of a probiotic composition.La présente invention concerne des procédés et des compositions pour restaurer le microbiote normal chez des nouveau-nés prématurés ou des nouveau-nés accouchés par césarienne et des procédés de prévention et d'amélioration de maladies associées à l'accouchement par césarienne ou la naissance prématurée comprenant l'administration audit nouveau-né lors de la naissance ou peu après celle-ci d'une quantité efficace d'un inoculum de microbiote vaginal obtenu à partir de la mère du nouveau-né ou d'une donneuse ou d'une quantité efficace d'une composition probiotique.