The invention relates to methods and compositions for restoring normal microbiota in pre-term newborns or newborns delivered by Cesarean section and methods for preventing or ameliorating diseases associated with delivery by Cesarean section or pre-term birth comprising administering to said newborns at the time of birth or shortly thereafter an effective amount of a vaginal microbiota inoculum obtained from the newborns mother or a donor or an effective amount of a probiotic composition.La présente invention concerne des procédés et des compositions pour restaurer le microbiote normal chez des nouveau-nés prématurés ou des nouveau-nés accouchés par césarienne et des procédés de prévention et damélioration de maladies associées à laccouchement par césarienne ou la naissance prématurée comprenant ladministration audit nouveau-né lors de la naissance ou peu après celle-ci dune quantité efficace dun inoculum de microbiote vaginal obtenu à partir de la mère du nouveau-né ou dune donneuse ou dune quantité efficace dune composition probiotique.