本发明涉及一种α-L-鼠李糖苷酶基因,尤其涉及一种来源于链格孢的α-L-鼠李糖苷酶基因及其应用,属于基因工程技术领域。一种α-L-鼠李糖苷酶基因,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。由上述α-L-鼠李糖苷酶基因编码的α-L-鼠李糖苷酶,其氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明所述α-L-鼠李糖苷酶基因克隆到pPIC9K表达载体上,转化毕氏酵母GS115,甲醇诱导表达,发酵液产酶量426mg/L。该α-L-鼠李糖苷酶基因在毕氏酵母中表达的重组酶能够高效水解柑橘类果汁中的主要苦味物质柚苷,并且能够以鼠李糖为供体、多种物质为受体合成转糖基产物,在食品、制药和化工行业有重要的潜在应用价值。