本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种具有降解赭曲霉毒素A功能的羧肽酶A的制备方法及其应用。本发明公开了经特定密码子优化的牛胰腺羧肽酶A成熟肽的编码基因及其表达载体和宿主以及羧肽酶A的制备方法,所述羧肽酶A成熟肽的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示;所述经密码子优化的羧肽酶A成熟肽编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明利用毕赤酵母表达系统实现了羧肽酶A的大量表达,利用本发明提供的方法制备得到的羧肽酶A无需经过处理即具有生物学催化活性,能够高效稳定降解赭曲霉毒素A,且在不同环境中均能够稳定地发挥赭曲霉毒素A的降解活性,能够在实践中用于赭曲霉毒素A污染的产品的处理。