The present invention relates to a method for manufacturing functional natural red pepper paste, and more particularly, to a method for manufacturing functional natural red pepper paste which is manufactured by manufacturing a Smilax glabra extract, an Aloe saponaria extract and a perilla leaf extract, and mixing the extracts with red pepper paste, so as to prevent decomposition and fungi formation under high temperature and sunshine while maintaining the unique taste of Korean traditional red pepper paste, and thereby extending expiration date by two folds or more. According to the present invention, the method comprises: a first step of mixing 18 parts by weight of grain syrup, 4 parts by weight of fermented bean paste powder, 3 parts by weight of glutinous rice, 3 parts by weight of barley, 2 parts by weight of sweet potato powder, 5 parts by weight of salt, 13 parts by weight of a functional extract with respect to 57 parts by weight of red pepper powder to manufacturing a red pepper paste mixture a second step of mixing 0.03 parts by weight of fermented alcohol with respect to 1 parts by weight of the red pepper paste mixture to prevent germ propagation, so as to manufacture function red pepper paste and a third step of inserting the manufactured functional red pepper paste in a pottery to perform fermentation and aging at 8 to 12°C for 14 to 16 days.COPYRIGHT KIPO 2016본 발명은 기능성 천연고추장 제조방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 토봉령 추출물, 사포나리아 알로에 추출물, 들깻잎 추출물을 제조한 뒤 혼합하여 한국 고유의 전통 고추장 맛을 그대로 살리면서 고온 및 햇볕에서 변질과 곰팡이 생성을 막아 유통기간을 두 배 이상 늘린 기능성 천연고추장 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 기능성 천연고추장 제조방법은 고춧가루 57 중량부에 대하여 조청 18 중량부, 메줏가루 4 중량부, 찹쌀 3 중량부, 보리 3 중량부, 고구마가루 2 중량부, 소금 5 중량부, 기능성 추출물 13 중량부를 배합하여 고추장혼합물을 제조하는 제 1단계 상기 고추장혼합물 1 중량부에 대하여 발효주정 0.03 중량부를 배합하여 세균증식을 막아 기능성 고추장을 제조하는 제 2단계 및 상기 제조된 기능성 고추장을 용기에 넣고 8 내지 12℃에서 14 내지 16일 동안 발효 및 숙성하는 제 3단계를 포함하여 제조되는 것을 특징으로 한다.