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寒兰基因组中含有SSR位点的基因片段的PCR引物设计方法
- 专利权人:
- 南昌大学
- 发明人:
- 罗火林,杨柏云,张亚楠
- 申请号：
- CN201710235508.3
- 公开号：
- CN106929587A
- 申请日:
- 2017.04.12
- 申请国别(地区):
- 中国
- 年份:
- 2017
- 代理人:
- 摘要：
- 本发明提供了寒兰基因组中含有SSR位点的基因片段的PCR引物设计方法，该技术方案以寒兰全转录组测序并组装得到的全部68699条Unigene为基础，首先利用MISA工具进行SSR位点筛选，从中得到了9721条含有SSR位点的Unigene。在此基础上，为实现对其有效扩增，本发明基于primer3软件设计了符合上述基因片段PCR扩增特性的批量引物设计方法，通过软件参数的控制，可有效保证所得引物的扩增成功率，同时批量化的获得引物。随机验证发现，本发明所设计的引物在常规PCR扩增条件下获得特异性条带的比率可达56.03％，为寒兰遗传多样性分析、遗传图谱的构建奠定了基础，也为世界范围内寒兰分子生物学数据的对比及统一分析提供了依据。
- 来源网站：
- 中国工程科技知识中心
- 来源网址：
- http://www.ckcest.cn/home/
