本发明涉及一种T‑DNA及其真菌插入位点右臂侧翼基因组序列的扩增引物和鉴定方法。本发明T‑DNA包括左臂、右臂DNA,以及二者之间的多克隆位点和eGFP基因,且该T‑DNA具有SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列,本发明公开了其载体及构建方法;该T‑DNA的真菌插入位点右臂侧翼基因组序列的巢式PCR扩增的上游引物对应于eGFP基因的左端序列,下游引物对应于右臂的左端序列;该右臂侧翼基因组序列的鉴定方法包括基因组DNA提取、酶切处理、纯化处理、连接反应、巢式PCR扩增及其产物鉴定、克隆和测序等步骤。本发明引物特异性强,能够快速、准确、高效、稳定、普适性地扩增出T‑DNA的右臂侧翼基因组DNA序列,大大提高鉴定效率。