本发明公开了一种大黄鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其应用,特点是其扩增引物为15对,基因序列分别如SEQ ID NO:1-30所示,还利用该扩增引物获得岱衢族大黄鱼线粒体全基因组序列和闽-粤东族大黄鱼线粒体全基因组序列分别如SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32所示,并获得了大黄鱼高变异区域扩增引物,优点是通过上述15对扩增引物可以快速、高效的分别获取岱衢族大黄鱼和闽-粤东族大黄鱼线粒体全基因组序列,及大黄鱼高变异区域扩增引物,为大黄鱼的种类鉴定、地理种群鉴别、种质资源和遗传多样性的研究提供支持,为进一步开发岱衢族大黄鱼和闽-粤东族大黄鱼的鉴别技术提供基础。