PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a sterile filling system, a container sterilization unit, and a sterile filling method in which deformation of a container can be reliably suppressed when a process from molding of a container to filling of the container with a content fluid is performed consistently.SOLUTION: A sterile filling system 10 for aseptically filling a sterilized container C with a sterilized content fluid comprises: a container molding unit 20 for performing blow molding of the container C; a container sterilization unit 30 disposed on the downstream side of the container molding unit 20; a filling unit 40 for filling the container C with a content fluid, which is disposed on the downstream side of the container sterilization unit 30; and a capping unit 50 disposed on the downstream side of the filling unit 40. In the sterile filling system 10, the container sterilization unit 30 comprises a heat sterilization part 31 for heating and sterilizing the container C, and a cooling part 32 for applying cooling processing to a mouth part C1 of the container C on the downstream side of the heat sterilization part 31.SELECTED DRAWING: Figure 1【課題】容器成形から容器への内容液の充填までを一貫して行う場合であっても、容器の変形を確実に抑制することが可能な無菌充填システム、容器殺菌ユニット、および無菌充填方法を提供すること。【解決手段】殺菌された内容液を殺菌済みの容器Cに無菌充填する無菌充填システム10であって、容器Cのブロー成形を行う容器成形ユニット20と、容器成形ユニット20の下流側に配置された容器殺菌ユニット30と、容器殺菌ユニット30の下流側に配置され容器C内に内容液を充填する充填ユニット40と、充填ユニット40の下流側に配置されたキャッピングユニット50とを備え、容器殺菌ユニット30は、容器Cを加熱殺菌する加熱殺菌部31と、加熱殺菌部31の下流側において容器Cの口部C1に冷却処理を施す冷却部32とを有する無菌充填システム10。【選択図】図1