The purpose of the present invention is to provide a sterile filling system, a container disinfecting unit, and a sterile filling method that are capable of reliably limiting container deformation even when performing container molding to filling of content liquid into the container in a single process. Provided is a sterile filling system (10) for sterilely filling a disinfected content liquid into a disinfected container (C), the sterile filling system (10) being provided with: a container molding unit (20) for blow molding the container (C) a container disinfecting unit (30) disposed on the downstream side of the container molding unit (20) a filling unit (40), which is disposed on the downstream side of the container disinfecting unit (30) and is for filling the content liquid into the container (C) and a capping unit (50) disposed on the downstream side of the filling unit (40). The container disinfecting unit (30) has a heat-disinfecting section (31) for heat-disinfecting the container (C) and a cooling section (32) for cooling the mouth (C1) of the container (C) on the downstream side of the heat-disinfecting section (31).La présente invention concerne un système de remplissage stérile, une unité de désinfection de récipient et un procédé de remplissage stérile aptes à limiter de façon fiable la déformation du récipient, même lors de la réalisation du moulage du récipient et de son remplissage avec un contenu liquide en un seul processus. Linvention concerne un système de remplissage stérile (10) pour introduire de façon stérile un contenu liquide désinfecté dans un récipient désinfecté (C), le système de remplissage stérile (10) comprenant : une unité de moulage de récipient (20) pour mouler par soufflage le récipient (C) une unité de désinfection de récipient (30) disposée sur le côté aval de lunité de moulage de récipient (20) une unité de remplissage (40), qui est disposée sur le côté aval de lunité de désinfection de récipient (30) et destinée à introd