본 발명은 열교환기 생산을 위한 용접 시스템 및 열교환기 생산을 위한 용접 시스템 작동 방법에 관한 것으로, 길이방향으로 평행한 다수의 열을 이루도록 다수번 만곡된 냉매관이 거치되는 냉매관거치부와, 발열 성능을 향상시키기 위한 다수개의 냉각핀이 냉매관 상면 및 하면에 위치되도록 거치되는 냉각핀거치부를 포함하는 지그와, 냉매관의 상면 및 하면에 각각 위치된 다수개의 냉각핀을 냉매관에 용접시키는 용접기를 포함하며, 지그에 의해 냉매관과 냉각핀이 적층된 상태를 유지하게 되므로, 용접이 용이하며, 지그 상단 및 하단으로부터 용접팁이 동시에 냉매관 상부와 하부에 위치된 냉각핀과 접촉하게 되고 이에 따라 냉매관과 냉매관 상부 및 하부에 위치된 냉각핀이 동시에 용접되므로, 생산성이 향상되는 효과가 있는, 열교환기 생산을 위한 용접 시스템