A system for handling the sterilisation of thin-body, pouch-type, flexible containers (1), provides for applying sacrificial closures (200) to the pouches, loading the provisional closed pouches to be sterilised on a transport device (300) for collective transport, to performing the sterilisation of the transport device (300) carrying the provisional closed pouches and, finally, separating, in a sterile chamber, the sacrificial closures (200) from the pouches, performing filling and applying an inviolable cap (100).L'invention concerne un système de manipulation de stérilisation de récipients souples à corps minces, de type poche (1), comprenant l'application de fermetures sacrificielles (200) aux poches, le chargement des poches fermées provisoirement à stériliser sur un dispositif de transport (300) servant au transport collectif, la réalisation de la stérilisation du dispositif de transport (300) transportant les poches fermées provisoirement et, finalement, la séparation, dans une chambre stérile, des fermetures sacrificielles (200) des poches, la réalisation du remplissage et l'application d'un bouchon inviolable (100).