A system for handling the sterilisation of thin-body, pouch-type, flexible containers (1), provides for applying sacrificial closures (200) to the pouches, loading the provisional closed pouches to be sterilised on a transport device (300) for collective transport, to performing the sterilisation of the transport device (300) carrying the provisional closed pouches and, finally, separating, in a sterile chamber, the sacrificial closures (200) from the pouches, performing filling and applying an inviolable cap (100).Un sistema para manejar la esterilización de recipientes flexibles (1), de cuerpo delgado, de tipo bolsita, estipula aplicar cierres de sacrificio (200) a las bolsitas, cargar las bolsitas provisionales cerradas a esterilizar en un dispositivo de transporte (300) para el transporte colectivo, para realizar la esterilización del dispositivo de transporte (300) que lleva las bolsitas provisionales cerradas y, finalmente, separar, en una cámara estéril, los cierres de sacrificio (200) desde las bolsitas, realizando el llenado y aplicando una tapa inviolable (100).