The present invention relates to a system for handling the sterilization of pouch-type flexible containers (1) which provides for the application of sacrificial closures (200) to the pouches by carrying the provisional closed pouches to be sterilized in a pouch. conveying device (300) for collective transport to sterilize the conveying device (300) which carries the provisional closed pouches and finally separating in sacrificial closures the sacrificial closures (200) from the pouches by filling and applying a tamper evident cap (100).a presente invenção refere-se a um sistema para manusear a esterilização de recipientes flexíveis (1), corpo fino, de tipo bolsa, que provê a aplicação de fechos sacrificiais (200) às bolsas, carregando as bolsas fechadas provisórias a serem esterilizadas em um dispositivo de transporte (300) para transporte coletivo para realizar a esterilização do dispositivo de transporte (300) que transporta as bolsas fechadas provisórias e, finalmente, separar, em uma câmara estéril, os fechos sacrificiais (200) das bolsas, realizando o enchimento e aplicando uma tampa inviolável (100).