A system of managing the sterilisation of empty flexible pouches (1) provides applying sacrificial closures (200) to the empty pouches, loading the empty provisional closed pouches to be sterilised on a transport device (300) for the collective transportation, performing the sterilisation of the transport device (300) carrying the empty provisional closed pouches, and finally separating, in a sterile chamber, the sacrificial closures (200) from the pouches, filling and applying a tamper-proof cap (100).Linvention concerne un système de gestion de la stérilisation de poches souples vides (1), qui prévoit lapplication de fermetures sacrificielles (200) sur les poches vides, le chargement des poches fermées vides provisoires à stériliser, sur un dispositif de transport (300) servant au transport collectif, la réalisation de la stérilisation du dispositif de transport (300) transportant les poches fermées provisoires et, finalement, la séparation, dans une chambre stérile, des fermetures sacrificielles (200) des poches, la réalisation du remplissage et lapplication dun bouchon inviolable (100).