Disclosed herein are systems and methods for determining alleles, neoantigens, and vaccine compositions determined based on tumor mutations in an individual. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from tumors. Also described are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genomic data. Also described are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A usefulness score indicating the estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigens identified for the patient. The subset of patients is selected based on the determined usefulness store. The subset of selected patients may receive treatment such as neoantigen vaccine or checkpoint inhibitor therapy. Finally, unique cancer vaccines are described herein.개체의 종양 돌연변이에 기초하여 결정된 대립유전자, 신생항원, 및 백신 조성물을 결정하기 위한 시스템 및 방법이 본원에서 개시된다. 또한, 종양으로부터 고품질 서열분석 데이터를 얻기 위한 시스템 및 방법이 개시된다. 또한, 다형성 게놈 데이터에서 체세포 변화를 동정하기 위한 시스템 및 방법이 기재된다. 또한, 치료를 위한 환자의 서브셋을 선택하기 위한 시스템 및 방법이 기재된다. 종양 세포의 표면 상에 제시된 신생항원의 추정 수를 나타내는 유용성 스코어가 환자에 대해 동정된 하나 이상의 신생항원에 기초하여 각각의 환자에 대해 결정된다. 환자의 서브셋은 결정된 유용성 스토어에 기초하여 선택된다. 선택된 환자의 서브셋은 신생항원 백신 또는 체크포인트 억제제 요법 등의 치료를 수용할 수 있다. 마지막으로, 특유의 암 백신이 본원에 기재된다.
