Disclosed herein are systems and methods for determining alleles, neoantigens, and vaccine compositions that are determined based on an individual''s tumor mutation. Systems and methods for obtaining high quality sequencing data from tumors are also disclosed. Further described herein are systems and methods for identifying somatic alterations in polymorphic genomic data. Finally, the present specification describes unique cancer vaccines.本明細書では、個人の腫瘍変異に基づいて決定される、アレル、新生抗原、及びワクチン組成物を決定するためのシステム及び方法を開示する。腫瘍から高品質のシークエンシングデータを得るためのシステム及び方法も開示する。さらに本明細書では、多型ゲノムデータ中の体細胞変化を特定するためのシステム及び方法について記載する。最後に本明細書では、ユニークながんワクチンについて記載する。