Methods for producing in a plant a complex transgenic trait locus comprising at least two altered target sequences in a genomic region of interest are disclosed. The methods involve the use of two or more double-strand-break- inducing agents, each of which can cause a double-strand break in a target sequence in the genomic region of interest which results in an alteration in the target sequence. Also disclosed are complex transgenic trait loci in plants. A complex transgenic trait locus comprises at least two altered target sequences that are genetically linked to a polynucleotide of interest. Plants, plant cells, plant parts, and seeds comprising one or more complex transgenic trait loci are also disclosed.Linvention concerne des procédés de production, dans une plante, dun locus complexe de caractéristique transgénique, comprenant au moins deux séquences cibles modifiées dans une région génomique dintérêt. Les procédés consistent à utiliser au moins deux agents induisant une coupure double brin, dont chacun peut provoquer une coupure double brin dans une séquence cible dans la région génomique dintérêt, ce qui conduit à une modification dans la séquence cible. Linvention concerne également des loci complexes de caractéristiques transgéniques dans les plantes. Un locus complexe de caractéristique transgénique comprend au moins deux séquences cibles modifiées qui sont liées génétiquement à un polynucléotide dintérêt. Linvention concerne aussi des plantes, des cellules végétales, des parties de plantes et des semences comprenant un ou plusieurs loci complexes de caractéristique transgénique.
