According to an embodiment of the present invention, a frozen chilli steam sterilizing system comprises: a chilli accommodation unit for accommodating a frozen chilli; a first chilli moving unit for moving the frozen chilli accommodated in the chilli accommodation unit to a first height; a first wind power selecting unit for providing a first wind power to separate chilli seeds and foreign substances, which are moved with the frozen chilli dropped from the first height, from the frozen chilli; a vibration selecting unit for collecting the chilli seeds and foreign substances moved with the frozen chilli in an accommodation space of a lower portion thereof by applying vibration to the frozen chilli dropped from the first height; a second chilli moving unit for moving the frozen chilli moved by passing through the vibration selecting unit to a second height; a second wind power selecting unit for providing a second wind power to separate the chilli seeds and foreign substances, which are moved with the frozen chilli dropped from the second height, from the frozen chilli; a third chilli moving unit for moving the frozen chilli moved by passing through the second wind power selecting unit to a third height; a water washing unit for washing the frozen chilli dropped from the third height with water accommodated therein; a brush washing unit for washing the frozen chilli moved from the water washing unit through a plurality of roll brushes; and a steam sterilizing unit for steam-sterilizing the frozen chilli moved from the brush washing unit.본 발명의 일 실시예에 따른 냉동고추 스팀살균 시스템은, 냉동고추가 수용되는 고추수용부, 상기 고추수용부에 수용된 냉동고추를 제1 높이로 이동시키는 제1 고추이동부, 상기 제1 높이에서 낙하하는 냉동고추와 함께 이동된 고추씨 및 이물질을 냉동고추와 분리되도록 제1 풍력을 제공하는 제1 풍력선별부, 상기 제1 높이에서 낙하하는 냉동 고추에 진동이 인가되도록 하여, 냉동고추와 함께 이동된 고추씨 및 이물질이 하부의 수용공간에 수집되도록 하는 진동선별부, 상기 진동선별부를 거쳐 이동된 냉동고추를 제2 높이로 이동시키는 제2 고추이동부, 상기 제2 높이에서 낙하하는 냉동고추와 함께 이동된 고추씨 및 이물질을 냉동고추와 분리되도록 제2 풍력을 제공하는 제2 풍력선별부, 상기 제2 풍력선별부를 거쳐 이동된 냉동고추를 제3 높이로 이동시키는 제3 고추이동부, 상기 제3 높이에서 낙하하는