본 발명은 복수의 터미널을 가진 항만에서의 터미널 간 환적의 검증 시스템 및 방법에 관한 것으로서, 선사, 운송사 또는 터미널로부터 환적 검증 정보를 전달받는 환적 검증 정보 수신 모듈, 선사로부터 환적 비용 환급 신청 정보를 입력 받고 이상 유무에 따라 접수 처리하는 환급 신청 입력 모듈, 상기 환적 검증 정보 수신 모듈을 통해 전달받은COPINO 정보 및 CODECO 정보를 제1 검증 기준으로 적용하여 입력된 상기 환적 비용 환급 신청의 환적 반출/반입 여부 및 컨테이너의 실제 차량 운송 여부를 검증하는 1차 검증 모듈 및 상기 환적 검증 정보 수신 모듈을 통해 전달받은 수출적하목록 및 수입적하목록을 제2 검증 기준으로 적용하여 입력된 상기 환적 비용 환급 신청의 환적 신고 여부를 검증하는 2차 검증 모듈을 포함함으로써, 궁극적으로 환적 컨테이너의 유치에 기여