本发明公开了一种治疗自身免疫病及糖尿病的病毒载体及其构建方法和应用,所述病毒载体为克隆有mfat‑1基因的慢病毒表达质粒或克隆有mfat‑1基因的腺相关病毒表达质粒,所述的mfat‑1基因如SEQ ID No.:1所示。本发明所述的病毒载体可以用于制备治疗免疫失衡导致的相关自身免疫病以及糖尿病的生物药物,如以病毒载体转染至细胞中的病毒颗粒是一种安全无毒具备抗炎活性的新型生物药物,以慢病毒(lentivirus)和腺相关病毒(AAV)为载体,利用基因重组技术高表达mfat‑1基因,具有显著的抵抗Th细胞分化失衡和炎症的作用,能满足临床使用需求,制备方法简单,容易操作,具有很好的应用前景。