本发明公开了一种丹参异戊烯焦磷酸异构酶(IPPI)基因及其编码的蛋白酶与用途,该基因为首次利用cDNA芯片技术从丹参中克隆而得,填补了从我国传统名贵中药材丹参中分离克隆SmIPPI基因的空白。本发明所提供的SmIPPI基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的SmIPPI基因可以应用于生物技术方法提高丹参中二萜类活性成分的含量、利用转基因技术提高丹参酮类物质含量的研究和产业化、有助于丹参药材的品质改良及选育等,具有良好的应用前景。