本发明涉及一种枸杞异戊二烯焦磷酸异构酶基因及包括该基因的重组载体和宿主细胞及应用。选自以下核苷酸序列之一:1)具有SEQ ID No.1序列所示的核苷酸序列;2)SEQ ID No.1所示的核苷酸序列添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的70%的同源序列或者其等位基因及其衍生的核苷酸序列。通过提取新鲜枸杞叶片总RNA,用3′RACE技术克隆了枸杞异戊二烯焦磷酸异构酶基因LmIpi,得到完整的基因序列为882bp。构建了大肠杆菌表达载体pET28a-LmIpi,应用大肠杆菌异源表达系统,对克隆的枸杞异戊二烯焦磷酸异构酶基因LmIpi编码的酶活性进行了鉴定,枸杞异戊二烯焦磷酸异构酶LmIPI能够催化异戊二烯焦磷酸转变成二甲基丙烯焦磷酸,使代谢向下游流动,提高β-类胡萝卜素含量。