本发明公开了一种法呢基焦磷酸合酶基因及其编码的蛋白酶与用途,该基因为首次利用cDNA芯片技术从丹参中克隆而得,填补了从我国传统名贵中药材丹参中分离克隆出法呢基焦磷酸合酶基因的空白。本发明所提供的法呢基焦磷酸合酶基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的法呢基焦磷酸合酶基因可以通过生物技术提高丹参中二萜类活性成分丹参酮类的含量,有助于丹参药材的品质改良,同时可以进行品种选育,具有很好的应用前景。