本发明公开了一种丹参牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因及其编码的蛋白质和应用,填补了从我国传统中药材丹参中分离克隆出牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因的空白。本发明所提供的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列,其编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因可通过基因工程技术提高丹参中萜类活性成分丹参酮的含量,有助于丹参药材的品质改良,具有很好的应用前景。