본 발명은 조류분해활성을 갖는 박테리아와 분비독소 분해능을 갖는 박테리아를 이용한 유해녹조 제거방법에 관한 것으로, 상기 2종의 균주인 바실러스 속 T4 균주 (sp. T4)는 국내 유해조류 발생의 우점종인 마이크로시스티스 에루지노사 ()를 사멸시키고, 슈도모나스 속 R12 균주 (sp. R12)는 분비독소인 마이크로시스틴을 분해하여, 유해녹조를 제거할 수 있다. 본 발명에 따른 바실러스 속 T4 균주(sp. T4) 및 슈도모나스 속 R12 균주 (sp. R12)는 호소 및 강에 발생한 유해 녹조와 독소를 빠른 시간내에 효과적으로 제어하고 2차 문제 발생을 예방하는데 매우 유용하다.