本发明公开了一种基于育性差异蛋白的辣椒CMS雄性不育基因Ca06g18730,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,本发明利用定量蛋白质组学技术鉴定到一种辣椒CMS性状相关的花药特异基因Ca06g18730,明确了不育系植株的花药从减数分裂四分体时期开始变异,造成花粉败育;通过VIGS技术沉默保持系辣椒Ca06g18730基因的表达,说明CA06g18730基因在花粉发育过程中起着关键作用,且CA06g18730基因下调为导致CMS不育系花粉败育的一个重要因素;利用VIGS技术沉默辣椒Ca06g18730基因表达,造成植株花粉败育,创制辣椒雄性不育材料,为辣椒育种提供新的材料。