本发明公开了一种辣椒花药特异基因CaPL1及其应用。所述辣椒花药特异基因CaPL1全长1410bp,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;包含一个1191bp的最大开放阅读框,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,其编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示。所述CaPL1只在可育株的第7,8级花蕾以及开放花中表达,且仅在花药组织中表达,是一个花药特异基因,与花药或花粉发育相关。使用烟草脆裂病毒作为载体,构建病毒诱导的基因沉默重组质粒,将质粒转入农杆菌后,感染辣椒植株,CaPL1在VIGS沉默植株花蕾中比空载体对照植株减少90%,相对于野生型和空载体对照植株,CaPL1沉默植株的花粉萌发率大幅降低。表明沉默辣椒植株花蕾中的CaPL1能够降低花粉的萌发率,可通过沉默CaPL1基因来创制辣椒雄性不育材料,为辣椒育种提供新的材料。